Puerto Iguazú en el año 1536 pertenecía a la Provincia del Paraná, Uruguay y Tapé (poderosa provincia del Imperio Hispánico) y en el año 1615, a la Provincia de las Misiones del Paraná y Tapé o de las Misiones Guaraní y Tapé (Misiones de los guaraníes y Tapé).
Pensar en su origen, es destacar la figura del Español, Alvar Nuñez Cabeza de Vaca, quien descubrió las grandiosas Cataratas del Iguazú, que él bautizó con el nombre de Saltos de Santa María en el año 1541.
Después de muchos problemas entre conquistadores y conquistados, hace más de 370 años, llegaron las fundaciones: Misiones Jesuíticas, enviadas por los Reyes de España, para catequizar a los indios. Se congregaron en estos territorios, que vinieron a transformar aquel mundo diferente del pueblo guaraní, comprendiendo que la espada no era el arma para someter al indio, por lo que se estimó la conversión de los guaraníes al cristianismo y se encomendó esta misión a los sacerdotes de la Orden de la Compañía de Jesús.
Los Padres Diego de Boroa y Claudio Ruyer, fueron los fundadores de la Reducción "Misiones Jesuíticas", creada con el nombre "Santa María La Mayor, en el año 1633, hoy Iguazú.
Estas reducciones se caracterizaban bajo un sistema de solidaridad social, que funcionaba y se mantenía con el fruto del trabajo obligatorio, como medio de vida, por tal motivo, este territorio cristiano, se denominó Misiones.
Los nativos Misioneros de la Nación Guaraní, aprendieron oficios y se disciplinaron en el trabajo, alcanzando un apreciado grado de civilidad.
Suceden luego hechos difamatorios, como la usurpación de libertad a los indios, y sus propiedades, y por ende la expulsión de las Misiones de la Compañía de Jesús en el año 1768.
Posteriormente, los gobernantes pretendieron solucionar los problemas, sin embargo, ante la decadencia de los Pueblos Misioneros, se vieron en la necesidad de abandonar sus dominios. Esto produjo en los vecinos de Paraguay y Portugal (Brasil), la ambición de ejercer la supremacía sobre las tierras Misioneras, tomando en cuenta, que en esos tiempos no existían los actuales límites territoriales. Después de controvertidos gobiernos en la Provincia de Misiones, tanto portugueses como paraguayos, aprovechando tal circunstancia quisieron apoderarse de estas tierras, y es así, que más adelante surgió el famoso caudillo, auténtico indio guaraní, Comandante Andrés Guazurarí, quien siendo jefe de Blandengues, empieza a actuar en Misiones venciendo a los paraguayos, el 14 de Septiembre de 1815, rescatando para la Provincia de Misiones, los 5 pueblos del Departamento de Candelaria, incluido el Territorio del Departamento Iguazú, que desde 1811 Paraguay tuvo en su posesión.
En julio de 1841 el Gobierno de Corrientes firma un Tratado con Paraguay entregando las tierras de las destruidas poblaciones misioneras, por consiguiente, las tierras del Departamento Iguazú quedaban en posesión del Paraguay, hasta la guerra de la Triple Alianza en el año 1865, cuando el Ejército de Paraguay, cruzó de vuelta el Río Paraná, y dejó sin efecto su dominio sobre las tierras mencionadas. La Provincia de Corrientes recuperó nuevamente este territorio misionero en un estado desastroso, con pueblos desorganizados, desvastados y con pocos habitantes. En 1869, el Gobierno de Corrientes creó un nuevo Departamento denominado Candelaria, con su Capital Trincheras de San José (Posadas) limitado con el Alto Paraná, desde los Esteros de la Laguna del Iberá, hasta el nacimiento del Río Iguazú, límite con el Imperio del Brasil, que comprende también la Jurisdicción del Departamento de Iguazú.
En el año 1874 se dio origen al extraordinario Pacto de la Selva, lo cual eliminó la hostilidad de los indios hacia los blancos y se posibilitó una escasa radicación de pobladores valientes no indios en el lugar. Antes del Pacto, se estuvo al borde de una matanza entre indios y cristianos, pero el problema se solucionó con la estratégica y diplomática experiencia de los blancos, ofreciendo herramientas de trabajo y aliviando los sufrimientos y penurias naturales, porque el lugar en esa época no brindaba nada bueno. En signo de paz, los indios arrojaron sus arcos y flechas, y los miembros de la comitiva blanca, entregaron sus armas una por una al cacique.
En 1881, por Ley Nacional, el Territorio de Misiones, es separado de la Jurisdicción de Corrientes.
En el año 1881, de acuerdo a la Ley de Tierras de la Provincia de Corrientes, sobre los Ríos Paraná e Iguazú, fueron los primeros dueños de las cincuenta leguas cuadradas, los señores Severo Fernández y Ernesto Amadeo. En Octubre del mismo año, transfirieron los derechos a Rafael Gallino, y en el mismo año Gallino vendió a Don Gregorio Lezama, quien con fecha 8 de Julio de 1888, vendió a la firma Errecaborde y Cía.
En 1907 las tierras de propiedad de la firma Martín Errecaborde y Cía., fueron liquidadas en remate público, siendo comprador Don Domingo Ayarragaray.
En el año 1928, el Superior Gobierno de la Nación compró al Señor Domingo Ayarragaray, con destino al Parque Nacional Iguazú y Zona Militar.
Es importante destacar que en la era de las Fundaciones de las Misiones Jesuíticas esta zona se denominó: Santa María La Mayor. Luego de largos años se llamó sucesivamente Puerto Iguazú, Puerto Aguirre, Puerto Iguazú, Puerto Eva Perón. Actualmente Puerto Iguazú.
En el devenir del progreso y la civilización en el mundo, se refleja la lucha por la vida, en este caso, la selva, no solamente en lo vegetal sino hasta en lo humano, porque siempre existió y existirán las ansias de explorar, como así también, el dominio y el poder, y más en un lugar de exuberante belleza y riquezas naturales; los 275 saltos de majestuosidad incomparable, las indomables fuerzas acuáticas, y la impenetrable selva con su verde brillante y la tierra roja que da su color a los ríos Iguazú y Paraná, que sirve de fondo a las tres fronteras, provocando un clima subtropical propio para la gran producción de yerba, té, tung y soja.
Con respecto a la selva virgen, uno de los pioneros de esta zona boscosa, Don Carlos Bosetti, se dedicó a la exploración de los yerbales nativos.
En junio de 1883, llega a las Cataratas del Iguazú, una expedición integrada por una Comisión Científica Alemana que buscaba tierras para la inmigración de su país, con el barco "El Vigilante" de la Armada Nacional. Después de ésta, se realizaron varias más. En dichas expediciones se encontraban inmigrantes, entre ellos, el señor Schneider, Wascbach, y el naturalista Nierdelein, comisionados por el Gobierno Argentino para elegir productos nacionales y presentarlos en la Exposición Universal de París de 1889. Esta exposición era costeada por el entonces propietario de las tierras de Iguazú, Don Lezama y dirigida por el experto explorador Carlos Bosetti. Agregándose a esta expedición especialmente invitado, el Mayordomo del ingenio San Juan, de Don Otto Bemberg, Don Jordan Hummel, más tarde célebre y popular Capitán de vapores del Alto Paraná.
El día 6 de marzo del mismo año, a pocos metros de su desembocadura por el Río Iguazú, ancló su nave, siendo bien recibidos por los habitantes del caserío que existía en el lugar, preparándose en pequeñas embarcaciones para visitar las Cataratas. En su llegada, el Comandante Cruz hizo construir una gran Bandera Argentina con chapas de zinc, dando órdenes para que la misma se colocara en una de las Islas de las Cataratas, que seguramente con el tiempo se llamaría, la isla "San Martín". Según apuntes del Capitán Hummel manifestando que conoce las Cataratas del Iguazú en el año 1883, y que hasta el año 1887, era imposible abrir una brecha en la selva para llegar a las Cataratas del Iguazú, por la falta de ruta y caminos. Dicho Capitán logró realizar algunas excursiones, llegando con muchas dificultades y penurias, especialmente para las damas y niños que viajaban como turistas.
En el año 1901, el Gobernador del Territorio de Misiones, Don Juan José Lanusse, se trasladó a Buenos Aires, para ofrecerle e interesarlo en formar una Empresa Naviera a Don Nicolás Mihanovich, a la organización del turismo a las Cataratas, por considerar una fuente de ingreso de divisas para el país.
El Sr. Mihanovich organizó la primera excursión para turistas, en cuyo grupo viajó la señorita Victoria Aguirre, sufriendo innumerables problemas por los trasbordos de canoas muy precarias. Solamente tres personas pudieron llegar hasta las Cataratas, entre ellas las señorita Aguirre, pero lo hicieron por el lado brasileño, donde fueron bien atendidos, proporcionándoles, carros y cabalgaduras para continuar a lomo de mulas. La referida dama pertenecía a una de las distinguidas familias porteñas, quien con el gesto de altruismo que la caracterizaba, donó la suma de pesos 3.000 moneda nacional, los que hizo entregar al gobernador Don Juan José Lanusse para un camino que permitiera llegar a las Cataratas por territorio argentino, su sueño deseado, y que pudo realizar por segunda vez en el año 1906.
Los trabajos para la construcción del camino a las Cataratas fueron realizados con las tropas de la guarnición de Posadas, por el trazado y dirección del Teniente de Ingenieros Don Alberto Uttinger.
Esta ciudad a raíz del generoso gesto de esta dama porteña, se denominó Puerto Aguirre, en homenaje a su obra.
En 1902, quedó inaugurado el camino a las Cataratas del Iguazú, lo que provoca gran afluencia de turistas, siendo necesaria la construcción de un hotel, por los señores Nuñez y Gibaja, el cual fracasó por falta de recursos, por tal motivo se encarga la administración del mismo a un hombre excepcional, dinámico Don Leandro Arrechea, a quien no lo atemorizan los problemas e inconvenientes, persona que años más fue nombrado comisario del lugar. Además este hombre contribuyó al fomento del turismo, aún con sus propios bienes.
Cabe también destacar un hecho anecdótico de una turista que llegó a Iguazú, en el año 1906, llamada Leonor Gutierrez de Casadella, quien en todo el recorrido de su viaje, no encontró ninguna bandera de la Patria, lo que la motivó, y a su regreso a Posadas, inmediatamente confeccionó una bandera de género, y se la envió al señor Leandro Arrechea a Puerto Aguirre, para que flameara orgullosa en este lejano Iguazú.
El año 1913, el Gobierno de la Nación, autorizó al Gobernador de Misiones para invertir pesos 30.000, moneda nacional, para la construcción de los edificios de Subprefectura, Comisaría, Estación de Radiotelefonía, y una escuela primaria y otros progresos. Sobre la existencia de una Escuela N° 4, poco se sabe, pero sí que funcionó con escasa regularidad hasta el año 1928.
Año 1922: el ingeniero Hasen, socio y administrador de la firma Domingo Ayarragaray, propietario de este lugar, llevó a cabo un plan de mejoras, y construyó un confortable Hotel, que posteriormente el gobierno compra la propiedad del señor Arrayagaray, y su administración fue confirmada al señor Nicolás Mihanovich, que se hace cargo de la firma Dodero S.A., dedicándose al comercio con sus compañías marítimas de la Zona Norte Alto Paraná.
En el año 1928, se creó una estafeta de correo, que más tarde se convirtió, en el año 1933, en una oficina de la marina, y a continuación en oficina radiopostal. En el año 1951, la oficina radiopostal fue ascendida a segunda categoría.
Año 1935: se dispone la creación del Parque Nacional Iguazú, en las tierras que el gobierno adquirió desde el año 1928. En mayo del año 1937, se hizo cargo de la intendencia del Parque Nacional, como primer intendente en ésta, Don Paulino Amarante. A partir de esta fecha la Intendencia del Parque Nacional Iguazú, quedó a cargo también de la localidad, hasta la creación de su Comisión de Fomento en el año 1951.
Año 1935: por gestiones de autoridades militares, se crea la Escuela Nacional 235, en Puerto Aguirre, que funcionó hasta el año 1942, y desde esa fecha se trasladó al nuevo edificio, que es hoy, la Escuela Provincial N° 615 Mariano Moreno.
Se construye y se bautiza la Primera Capilla de Iguazú, el 25 de Diciembre de 1940, por el padre Gaspar Kippes, padrinos del bautizo, el Arquitecto Exequiel Bustillo y señora.
En el año 1942, fue construido el edificio del Resguardo Aduanero. En el año 1942, se terminó de construir el edificio con destino a la Comisaría y Vivienda para el comisario, que por un tiempo fue ocupado por la Sección Iguazú de Gendarmería Nacional, donde actualmente funciona la Comisaría de Iguazú y la Unidad Regional V de la Policía de Misiones.
En el año 1943, el Presidente de la Nación, Decreta mantener el nombre de Victoria Aguirre a la picada de acceso a las Cataratas del Iguazú.
En 1945, se inaugura la Escuela Nacional N° 158 de Cataratas, que lleva el nombre de Campos Salles, ilustre gobernador de la República del Brasil, cuyo nombre es en homenaje al gran estadista brasileño que implicaba un gesto de reciprocidad con el país hermano, que denominó Bartolomé Mitre a una Escuela de Foz de Iguazú, Brasil.
Por iniciativa del Administrador General Teniente Coronel Napoleón Argentino Irusta, fue creada la Granja Oficial de Iguazú en el año 1945, y en 1948, fue construida la Usina Eléctrica, cuyo primer encargado fue Don Francisco Estouno de profesión electrotécnico, inmigrante italiano.
En el año 1947, se formó una Cooperativa de Consumo del Parque Nacional Iguazú, y en 1948, se construyeron muelles con diferentes niveles por las variantes del río en distintas épocas del año por personal del Ministerio de Obras Públicas de la Nación.
Por Resolución 820 de fecha 1° de Agosto de 1951 de la Gobernación del territorio de Misiones, el día 12 de Agosto de 1951, se constituye la Comisión de Fomento Eva Perón, quedando por unánime votación como Presidente de la Comisión de Fomento Municipal, el Sr. Balbino Brañas.