Toda esta diversidad de vegetales resulta una enorme despensa de alimentos para la fauna. Algunos, como el Lagarto overo, el Tapir, y un roedor terrestre de la selva misionera, el Agutí, aprovechan los frutos que caen al suelo. También en las alturas hay quienes se alimentan con frutos u otros recursos como hojas y brotes. Monos Caí, Comadrejas y un puercoespín arborícola llamado Coendú son habitantes de los pisos superiores.
Tampoco faltan los carnívoros que aprovechan las presas de los distintos estratos. Así el Yaguareté se mueve sigiloso por el suelo de la selva, junto con otros felinos, como el Gato Onza, Gato Moro, Tirica chico y el Margay o Tirica Grande.
En la familia de los mamíferos se pueden mencionar también al Zorro de Monte, Zorro Pitoco, Coatí, Corzuela, Pecarí, el Oso Hormiguero, Oso Melero, Osito lavador, Perezoso Bayo, Paca, Hurón, Ardillas, Mulitas y lobitos de río.

Las aves, en medio de una vegetación tan cerrada, optan por los plumajes decorativos o poseen cantos que pueden ser escuchados a grandes distancias, debido a que estos mecanismos facilitan el encuentro de parejas y la delimitación de territorios. Entre ellas encontramos Águila Crestuda Real, Alicucú, Anó, Arasarí (banana, fajado y chico), Bailarín azul, Batará, Biguá, Boyero, Calancate, Carpintero (grande, cabeza amarilla y garganta estriada), Catita, Chiripipé, Golondrina ala blanca, Harpía, Jote, Lechuza negra, Loro, Macuco, Maracaná, Milano Tijereta, Pájaro campana, Paloma colorada, Pepitero Negro, Picaflor, Saí amarillo, Surrucúa, Tangará (amarillo, de cabeza grande o vientre castaño), Tapicurú, Tersina o Azulejo Golondrina, Tinguazú, Trepador, Tucán (pico verde o grande), Tueré, Urraca común, Urú, Urucureá o Lechuzón chico, Vencejo, Yacutinga, Yacupeba, Yacutoro, Yasiyateré, Yerutí y Yetapá.

Otros animales en cambio prefieren pasar inadvertidos y por eso sus coloraciones se confunden con las de la selva, es el caso de los reptiles y algunos anfibios, entre los que se pueden mencionar al Sapo Misionero, Ranas (gigante, tacuarera, herrero, mono misionera o de las correderas), Tortuga misionera, Lagarto, Yacaré, Víbora de cascabel, Boa, Yarará, Coral, Culebra Verde, Ñacaniná-hú y Ñacaniná de monte.
En el Río Iguazú se encuentran además gran cantidad de peces, los más significativos son el Dorado, Pacú, Bagre, Cascudo, Cascudito, Boga, Curimbata, Pintado o Mandí, Canivete, Lambarí, Guasco, Guasquito, Saicanga y Surubí.

El visitante atento sabrá descubrir la presencia de lagartijas que aprovechan las pasarelas para tomar sol, y quedará asombrado por las concentraciones de coloridas mariposas libando las sales que se concentran en ciertos lugares.